从1998年起，学校就开始酝酿新校区建设工作。2003年秋季新校区破土动工，2005年秋季第一期工程竣工，新校区迎来了2600名高一新生。新校区地处县淝河路与新建路交汇处，占地163亩。在新校区建设的同时，学校又开展争创省级示范高中工作。由于全县“两基”工作未能通过国家验收，争创省示范高中工作被迫延迟。经过不懈努力，2007年10月通过市专家评估验收，12月底又顺利通过省专家评审小组验收。2008年4月，省教育厅正式下文，该校跻身省示范高中行列。在此期间，学校各项工作稳步向前，高考本科达线人数逐年攀升，六次夺取亳州市高考文理科状元。
