在员工长时间请假的情况下，企业应确保员工的社保权益不受影响，并按照相关规定进行社保缴纳。
一、劳动合同与社会保险缴纳规定
员工与企业签订的劳动合同中通常会明确社保缴纳的相关条款。根据《中华人民共和国劳动法》和《中华人民共和国社会保险法》的规定，企业应为员工缴纳社会保险费，包括养老保险、医疗保险、失业保险、工伤保险和生育保险。
二、长时间请假对社保的影响
当员工因故长时间请假时，社保缴纳的处理方式会有所不同。一般情况下，员工在请假期间，企业仍应为其缴纳社会保险费。这是因为社保缴纳是基于劳动关系而非实际出勤情况，员工的社保权益不应因请假而受到影响。
三、企业与员工的沟通与合作
在员工长时间请假的情况下，企业应与员工保持沟通，了解请假原因和预计请假时间。双方可以协商确定请假期间的社保缴纳方式，确保员工的社保权益得到保障。同时，企业也应提醒员工在请假期间关注自己的社保状况，确保社保权益不受损失。
四、特殊情况下的处理
在某些特殊情况下，如员工请假时间过长或涉及劳动关系变动等，企业可能需要向社保机构申请特殊处理。这时，企业应按照相关规定和程序操作，确保员工的社保权益得到妥善处理。
综上所述：
员工长时间请假时，企业应依据劳动合同和相关法律法规，确保员工的社保权益不受影响。双方应保持良好沟通，协商确定请假期间的社保缴纳方式。在特殊情况下，企业应按照相关规定和程序向社保机构申请特殊处理。
法律依据：
《中华人民共和国劳动法》
第七十二条规定：
用人单位和劳动者必须依法参加社会保险，缴纳社会保险费。
《中华人民共和国社会保险法》
第五十八条规定：
用人单位应当自用工之日起三十日内为其职工向社会保险经办机构申请办理社会保险登记。未办理社会保险登记的，由社会保险经办机构核定其应当缴纳的社会保险费。
《中华人民共和国社会保险法》
第六十条规定：
用人单位应当自行申报、按时足额缴纳社会保险费，非因不可抗力等法定事由不得缓缴、减免。职工应当缴纳的社会保险费由用人单位代扣代缴，用人单位应当按月将缴纳社会。
